株式譲渡と事業譲渡の違いとは?どっちを選ぶべきか

【更新日】 2026年11月9日(月) M&A・事業承継 ビジネス
株式譲渡と事業譲渡の違いとは?どっちを選ぶべきか
「自社の事業承継や売却を考え始めたけれど、M&Aのスキームが色々あってよくわからない……」

「うちの場合は『株式譲渡』と『事業譲渡』のどっちを選べばいいの?」

M&A(企業の買収・売却)を調べ始めると、最初に出くわすのがこの「株式譲渡」と「事業譲渡」という2つの言葉です。

実は、日本の中小企業M&Aの多くはこの2つのどちらかを使って行われています。どちらを選ぶかによって、手続きの手間、かかる税金、そして手元に残るお金が大きく変わってきます。

この記事では、M&Aの専門知識がない方でも直感的に理解できるように、2つの違いと選び方の判断基準をフロー図付きでわかりやすく解説します。

1. ざっくり言うと何が違う?
まずは細かい法律の話を抜きにして、イメージで捉えてみましょう。

株式譲渡:「会社という箱を丸ごと相手に渡す」
会社の持ち主(株主)が変わり、経営権が買い手に移ります。会社の中身(資産、負債、従業員、取引先)はそのまま残ります。

事業譲渡:「箱の中から特定の事業や資産だけを取り出して渡す」
会社自体は手元に残し、一部の事業や店舗、設備、契約などを選んで買い手に売却します。

2. どちらを選ぶ?ひと目でわかる判断フロー図
自社にとってどちらが適しているか、以下の4つの質問に答えてみてください。
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自社に最適なM&A手法を選ぶ

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Q1

売却したいのは「会社全体」ですか? それとも「特定の事業・店舗のみ」ですか?

特定の事業・店舗のみ ➔ 【事業譲渡】
会社全体(丸ごと) ➔ [Q2へ]
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Q2

買い手側は「簿外債務(隠れた借金)」の引き継ぎリスクを厳格に避けたいですか?

YES(資産を選びリスク遮断) ➔ 【事業譲渡】
NO(調査して会社ごと引受) ➔ [Q3へ]
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Q3

取引先の契約、従業員の雇用、許認可の「移行手続き」の手間を抑えたいですか?

YES(手続きを極力シンプルに) ➔ 【株式譲渡】
NO(個別再契約の手間を許容) ➔ 【事業譲渡】
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Q4

売却益の受け取り先は「オーナー個人」ですか?「会社(法人)」ですか?

オーナー個人(手取り重視・引退資金) ➔ 【株
式譲渡】
会社(法人への資金残置・負債返済) ➔ 【事業譲渡】
 

3. 株式譲渡と事業譲渡の比較一覧表

実務上で特に重要になる8つのポイントを一覧で比較します。

比較項目 株式譲渡 事業譲渡
対象 会社の株式(経営権) 特定の事業用資産・負債・契約
売却対価の行き先 株主(オーナー個人) 会社(法人)
手続きのスピード 早い・簡潔 時間がかかる・煩雑
従業員の雇用 原則そのまま継続 一人ひとり個別の再契約・同意が必要
許認可の引き継ぎ 原則そのまま維持 原則買い手が新規取得・再申請
隠れた負債のリスク 買い手が丸ごと引き継ぐ 買い手は対象外の負債を遮断できる
かかる主な税金 譲渡所得税(個人:約20.315%) 法人税等(約30〜34%)+資産の消費税
主な用途 後継者不在による引退・完全イグジット 不採算事業の整理・特定事業の資金化

4. 株式譲渡のメリット・注意点
メリット
①手続きが非常にシンプル
②株式を譲渡して株主名簿を書き換えるだけなので、取引先との契約関係や従業員の雇用関係を巻き直す必要がありません。
③オーナー個人の手取り額が多くなりやすい
売却益に対する税金は「申告分離課税」で一律約20.315%です。法人の利益にかかる実効税率(約30〜34%)よりも低く抑えられます。
④事業がそのままスムーズに回る
⑤許認可も会社の契約もそのまま残るため、買収翌日から通常業務を続けやすい点が強みです。

注意点
簿外債務や過去のトラブルも丸ごと引き継がれるため、買い手による財務・法務の事前調査(デューデリジェンス)が厳格に行われます。

5. 事業譲渡のメリット・注意点
メリット
①売りたい部分だけを切り出せる
②「赤字の飲食部門だけを売却し、本業のIT事業は手元に残す」といった柔軟な選択が可能です。
③買い手にとってリスクが低い
④必要な資産や契約だけを選んで引き受けるため、過去のトラブルや隠れた借金を引き継ぐリスクを完全に遮断できます。

注意点
手続きが極めて煩雑

従業員全員から転籍の個別同意を取り直す必要があり、反発や離職のリスクがあります。また、主要な取引先との契約書もすべて巻き直さなければなりません。

許認可の再取得が必要

飲食業や旅館業、建設業などの許認可は会社に紐づいていることが多く、事業譲渡では買い手が改めて申請し直す必要があります。

6. 自社に合った手法を選ぶために
後継者がおらず、会社を丸ごと引き継いで引退したい場合 = 「株式譲渡」が基本

特定の事業だけを売却したい、または負債・リスクを切り離したい場合 = 「事業譲渡」を検討

中小企業の事業承継M&Aにおいて約8〜9割で株式譲渡が選ばれているのは、手続きの手間が少なく、オーナーの手元資金が多く残りやすいためです。

ただし、自社の資産構成や負債状況、買い手の希望条件によって最適なアプローチは異なります。検討を始める際は、信頼できるM&Aアドバイザーや税理士などの専門家に早めに相談してみることをおすすめします。
 
【私的整理・M&Aのエキスパート集団による支援体制】
当社(株式会社ユニバーサルホールディングス)では、M&Aや事業再生・私的整理の実務に精通した弁護士や公認会計士・税理士を結集した専門家組織「一般社団法人経営戦略共創会議」の中核パートナー(運営・実務支援会社)として連携し、一体となって支援を行っております。

株式会社ユニバーサルホールディングスが初期相談の受付や全体スキームの統括・進行を担当し、一般社団法人経営戦略共創会議に参画する各専門家と連携することで、通常の株式譲渡(事業承継)はもちろん、負債や簿外債務を切り離す事業譲渡スキームの構築、金融機関交渉までワンストップで対応可能です。貴社の財務状況や目的に応じた最適な手法を選択し、事業と雇用、そして経営者の手元資金を守り抜きます。

※組織体制・参画専門家の詳細は、[一般社団法人経営戦略共創会議|概要] をご覧ください。

※運営会社についての詳細は、[株式会社ユニバーサルホールディングス|会社概要] をご覧ください。

【この記事の執筆・監修】
北野 明信 | 事業再生アドバイザー / M&Aアドバイザー
大阪・兵庫・奈良など関西圏を中心に、地場製造業・老舗企業のM&A(株式譲渡・事業譲渡)や事業再生(第二会社方式)を支援。弁護士・税理士と連携し、経営者の生活と雇用を守る「適法な私的整理・最適なスキーム設計」を専門としています。

■ 株式譲渡・事業譲渡・事業承継に関するご相談窓口
「自社は株式譲渡と事業譲渡のどちらが適しているかわからない」「借入金があるが、事業の一部だけを切り離して売却できるか」「後継者不在で将来に不安がある」といった初期段階のご相談も歓迎しております。

初回のご状況確認・スキーム検討は無料・完全秘密厳守にて承ります。
 
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